它一般在傳統的蒸餾技術多為釜式蒸餾，待分離的化合物先在沸點下氣化變成氣體，氣態的化合物在真空泵的作用下被整體抽出，流經冷凝器的時候才可以獲得冷凝。冷凝器與蒸發面之間過長的距離，使得該段距離間充滿了氣態化合物，因而難減小蒸發液面處的壓力。

對于分子蒸餾技術，由于冷凝器與蒸發表面布置得緊密，待分離的化合物一旦揮發逸出，便被冷凝，因而冷凝器與蒸發器表面之間的氣態化合物分壓低，可以實現低壓下的化合物分離。

在一定溫度下，壓力越低，氣體分子的平均自由程越大。當蒸發空間的壓力很低，冷凝表面接近蒸發表面時，蒸發表面之間的垂直距離小于氣體分子的平均自由程，和蒸發的汽化蒸氣分子。表面不能與其他分子發生碰撞，直接到達冷凝表面并冷凝。